Roberto Sandoval Castañeda, así como su hija Lidy Sandoval, también tiene orden de aprehensión por su presunta responsabilidad en el delito de operaciones con recursos de procedencia ilícita.
En varias ocasiones se le cuestionó a Roberto Sandoval, cómo había incrementado mucho, en tan poco tiempo, su fortuna; en varias entrevistas a medios de comunicación él afirmó que fue por su actividad ganadera.
Tras dejar el cargo, el gobierno de Estados Unidos lo acusó de recibir sobornos del Cartel Jalisco Nueva Generación (CJNG) causando que sus cuentas fueran congeladas en la unión americana.
Durante su gobernatura, se le relacionó con “Diablo”, exfiscal del estado. La relación que le encontraron a estos dos, fueron los crímenes de secuestro, extorsión, despojo, robo, enriquecimiento ilícito y asesinato.
Las propiedades que él compraba, las ponía a nombre de su hija Lidy Alejandra Sandoval cuando ella era una estudiante.