El Registro Público de Monumentos y Zonas Arqueológicos e Históricos de México tiene inscritos mil 709 vestigios arqueológicos en el trayecto planeado del Tren Maya.
De acuerdo con el Instituto Nacional de Antropología e Historia, esta cifra seguramente crecerá con los estudios que se realicen en la ruta.
Hasta el momento los vestigios registrados se distribuyen en los estados de Yucatán, Campeche, Tabasco, Quintana Roo y Chiapas.
Después de analizar los posibles restos, se propondrían alternativas para su gestión, como la consolidación y preservación del vestigio bajo tierra, su integración en el espacio o el impedimento de cualquier actuación en el mismo.